Początki capoeiry owiane są tajemnicą. Przed XIX wiekiem rzadko dokumentowano wiedzę na jej temat. Historie i opowieści z nią związane przekazywano sobie ustnie, z pokolenia na pokolenie, przez co trudno jest dokładnie określić czas i miejsce jej powstania.

Ustna forma przekazu sprzyjała powstawaniu różnych legend, mityzacji postaci oraz zdarzeń. Wprowadza to jeszcze większą dezorientację w ustalaniu faktów, ale za to czyni capoeirę jeszcze bardziej niesamowitą, przepełnioną folklorem i tradycjami sztukę.

Korzeni capoeiry należałoby dopatrywać się gdzieś w XVI wieku, wraz z napływającymi do Brazylii portugalskimi statkami, pełnymi niewolników. Ludzie ci, przywożeni z różnych rejonów Afryki, zmuszeni byli do wspólnego życia i asymilacji z rdzennymi mieszkańcami Ameryki. Efektem tej etnicznej mieszanki jest synteza muzyki, tańca, kuchni, tradycji i kultury, a to wszystko połączyła w sobie capoeira.

Najbardziej prawdopodobną kolebką capoeiry jest San Salvador w stanie Bahia. Tam spotkaniom niewolników towarzyszył śpiew, taniec, gra na różnych instrumentach oraz rytuały wojowników. Tak capoeira przybrała formę tańca adaptującego różne elementy tradycji afrykańskich. Pozwalało to podkreślić odrębność kulturową, dawało radość, zmniejszało stres i frustrację powodowane niewolą. Ujawniało również różnice kulturowe między grupami Afrykańczyków, a to osłabiało poczucie jedności. To wszystko skłaniało nadzorców do akceptowania praktyki capoeiry.

Capoeira rozwijała się również w innych miastach Brazylii, takich jak Rio De Janeiro czy Racife, gdzie przybrała szybszą i bardziej agresywną formę. Wraz z Złotą Ustawą z 1888 roku, która zniosła niewolnictwo, ludzie, odzyskawszy wolność, stanęli przed kolejnymi wyzwaniami związanymi z odnalezieniem się w nowej strukturze społecznej. Wielu z nich zeszło do świata przestępczego, a wraz z nimi capoeira, gdzie jawiła się jako sztuka pełna przemocy. Portugalczycy doszli do wniosku, że aby podporządkować sobie grupę ludzi muszą zniszczyć ich świadomość kulturową. To doprowadziło do delegalizacji capoeiry w 1892 roku. Mimo zakazów i represji capoeira rozwijała się nadal. W stanie Bahia jako taneczna i spokojna odmiana, a w innych regionach jako krwawa walka. Mimo tych różnic, capoeira była traktowana jako działalność przestępcza i powoli zaczęła zanikać w Rio i Recife. W tym czasie pojawili się budzący respekt gracze capoeiry. W Bahia był to Besouro Cordăo–de-Ouro, w Recif -Nascimento Grande, a w Rio – Manduca da Praia. Każdą z tych postaci możemy „spotkać” w śpiewanych dziś piosenkach. Dwiema najważniejszymi osobami w świecie capoeira są Mestre Bimba, który w 1932 roku założył pierwszą akademię capoeiry Centro de Cultura Fisica Regional Baiano, oraz Mestre Pastinha, który w 1942 roku założył pierwszą szkołę Capoeira Angola. To dzięki nim capoeira przybrała taką formę, jaką dzisiaj możemy podziwiać. Dzięki staraniom uczniów Mesrte Bimby capoeira została zalegalizowana i uznana za narodową sztukę, którą należy promować, a nie zwalczać. Spowodowało to rozkwit tej pięknej sztuki walki i zapewniło przetrwanie do teraz.